Die Leistungen, die die Ärzte im Rahmen von DMP erbringen, werden durch den Arzt mit der zuständigen Kassenärztlichen Vereinigung (KV) abgerechnet und extrabudgetär vergütet. Hierüber erlässt die zuständige Kassenärztliche Vereinigung einen sogenannten Honorarbescheid. Die Kassenärztliche Vereinigung zahlt das festgesetzte Honorar für die erbrachten Leistungen quartalsweise an den Arzt aus.
Im Nachhinein prüfen die Krankenkassen die mit ihnen abgerechneten Leistungen. Die Durchführung der Abrechnungsprüfung ist eine gesetzliche Verpflichtung und steht nicht im Ermessen der Krankenkasse oder der Kassenärztlichen Vereinigung. Wurden Leistungen zu Unrecht ausgezahlt, werden diese zurückgefordert.
Für die Teilnahme eines Versicherten am DMP erhalten die gesetzlichen Krankenkassen Zuweisungen aus dem Gesundheitsfonds.
